多数化脓性肝脓肿（PLA）可使用抗生素联合抽脓治愈。具体的治疗方法包括：（1）抗生素+超声引导下经皮肝脓肿穿刺引流；（2）抗生素+肝脓肿切开引流；（3）以及抗生素+肝脏部分切除。
抗生素治疗包括联合使用广谱抗生素：三代头孢菌素加克林霉素或甲硝唑；广谱青霉素加氨基糖苷类；二代头孢菌素加氨基糖苷类。
彩超或CT引导下经皮肝脓肿穿刺抽液及置管引流已成为肝脓肿的主要治疗手段。穿刺后的处理：置管尽量抽尽脓液后用甲硝唑液和/或庆大霉素+生理盐水冲洗，每隔12-24小时，进行1-2次，保持引流管通畅，冲洗量基本保持出入平衡，冲洗后留置少量抗生素并负压引流。对于脓液稠厚伴有坏死组织者，生理盐水稀释或加用糜蛋白酶或胰蛋白酶溶液冲洗溶解。
穿刺或置管引流指征如下：（1）药物治疗无效或体温持续升高的肝脓肿；（2）脓肿壁形成且脓肿液化趋于成熟的肝脓肿；（3）脓肿直径3-5cm的可穿刺抽脓，脓肿直径超过5cm可置管引流；（4）凝血功能正常、不耐受手术的肝脓肿。
脓肿切开引流主要适用于：（1）全身症状或临床症状经积极药物治疗、介入治疗无明显改善的肝脓肿；（2）脓肿破溃合并明显肺部感染如脓胸、胸膜炎等的肝脓肿；（3）介入或药物难以通过较厚的脓肿壁达到效果的肝脓肿；（4）需解除胆道梗阻或其他胆道疾病的肝脓肿；（5）位置特殊的肝脓肿；（6）不除外癌变的肝脓肿；（7）多发性肝脓肿。